1937年12月8日，日军全面占领了南京外围一线防御阵地，开始向外廓阵地进攻。11日晚，蒋中正通过顾祝同电告唐生智“如情势不能久持时，可相机撤退”。12日，日军第6师团一部突入中华门但未能深入，其余城垣阵地还在南明军队手中。负责防守中华门的第88师师长孙元良擅自带部分部队向下关逃跑，虽被第36师师长宋希濂劝阻返回，但已经造成城内混乱。下午，唐生智仓促召集师以上将领布置撤退。按照撤退部署，除第36师掩护司令部和直属部队从下关渡江以外，其他部队都要从正面突围，但唐生智担心属于中央军嫡系在突围中损失太大，又口头命令第87师、第88师、第74军和教导总队“如不能全部突围，有轮渡时可过江”，这个前后矛盾的命令使南明军队的撤退更加混乱。会议结束后，只有属于粤系的第66军和第83军在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。其他部队长官大多数没有向下完整地传达撤退部署，就各自抛下部队前往江边乘事先控制的船只逃离。这些部队听说长官退往下关，以为江边已经做好了撤退准备，于是放弃阵地涌向下关一带。负责封锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令，和从城内退往下关的部队发生冲突，很多人被打死或踩死。12日晚，唐生智与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北，此后第74军一部约5000人以及第36师也从煤炭港乘船过江，第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。逃到下关的南明守军已经失去建制，成为混乱的散兵，其中有些人自己扎筏过江，很多人淹死、或是被赶到的日军射杀在江中。大部分未能过江或者突围的南明士兵流散在南京街头，不少人放弃武器，换上便装躲入南京安全区。13日晨，日军攻入南京城。

    日军进城兵力约50000，执行军纪维持的宪兵却仅有17人。日军除了个别地或小规模地对南京居民随时随地任意杀戮之外，还对南明人，特别是解除了武装的军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”。大规模屠杀方法有机枪射杀、集体活埋等，手段极其残忍。

    12月15日（日军占领第3天）：已放下武器的南明军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。夜，解往鱼雷营的南明平民及已解除武装的南明军人9000余人被日军屠杀。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。

    12月16日（日军占领第4天）：位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的南明男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。

    12月17日（日军占领第5天）：南明平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余南明难民被集体射杀。

    12月18日（日军占领的第6天）夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的南明难民男女老幼共57418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。

    1937年12月13日，《东京日日新闻》（即现在《每日新闻》）报道两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。

    34万中国无辜的男女老少死于日军的屠刀之下，几十亿明龙币的财产遭到日军的破坏和掠夺，这样滔天罪行和暴行当然每个直接犯罪者都负有法律和道德的责任。

    在日军进入南京进行大屠杀的时候，朱启睿便已经下定了决心，一定要统一全国。他于12月15日，在京城早报上发表声明，一面对南京的死难同胞表胞表达哀悼，一面发布了大明共和国军政令，征召大明共和国的武装警察部队和国民自卫队整编为大明国防军。只用了一个星期的时间，东北、华北、西北等地已动员部队200万人，加上原有的大明国防军，此时，大明共和国的国防军总数已达250余万人，其中240000万人组成了200个师的兵力，其余100000万人则是空军。并且大明北方转入战时机制，加快生产各部队的武器装备。同一时刻，朱启睿发布对日作战总动员一令，并明令对进入南京参加屠杀大明军民的日军第六师团和第101师团的官兵如在战场遭遇，立杀无赫。

    “报告元首，据情报部门报告，蒋中正此时还停留在武汉行营，但明天他就要转移到贵阳，准备以那里为南明的陪都，行使南明政府权力。”朱启睿此时正在北京的中南海处，因为他正在计划着将首都迁移到保定去，那里此时已建好了用于军队的大本营总部和行使国家权力的政务院。这个报告的人则正是隶属明国的军事情报局第一处处长于焕亭，他专门是负责南明情报工作的。

    “哦，让警卫师的红龙特种部队做好准备实行‘斩首行动’。”朱启睿说道。

    “是。”于焕亭答到。

    “你去把总长蒋方震叫来一下。”朱启睿又说。

    “是。”于焕亭答应着出去了。

    朱启睿从办公桌后站了起来，走到窗前推开窗子，深吸了一口气。“继然你们南方在不管是科技还是机械生产都强于北方的情况下还丢了上海和南京，那么我便不客气了。”他想到。

    “咚咚”房门连响了两下，“进来。”朱启睿说道。

    门打开了，大明共和国总参谋长蒋方震走了进来。

    “方震，我想好了，今日便实行斩首行动，快刀斩乱麻，一次性解决南方政府。这次的南京参案刺激了我的心脏，真是太惨忍了，你现在命令山东方面，出动轰-4轰炸机，由东海舰队的海歼-5b型战斗机护航，轰炸日本东京。还有，命令第1空降军和第15空降军，做好战斗准备。第1空降军随红龙特部队占领武汉，第15空降军准备降落到南方去，该给倭奴点颜色看看了。”朱启睿说。

    “好，是该给倭奴点儿颜色看看了，什么他妈的国联，他们只管自已国家的事情，从来就没把多大明放在眼里。元首，你的想法太好了。”蒋方震高兴的说。

    大明轰-4系列轰炸机是以美国的B-29“超级空中堡垒”轰炸机为原型制造出来的，而海歼-5b型战斗机则是以美国的F4U“海盗”式战斗机改装而来。这些都是朱启睿无耻的剽窃了原时空的飞机图纸提供给大明飞机研究所后，由飞机研究所全力研究功关制造，于1931年终于成功制造出样机。在试飞成功后，朱启睿大笔一挥，开始全力建造的。而陆军型的歼-5战斗机，则是由美国的P-51飞机为原型制造出来的。

    “是啊，这些年我们就是太看重国联的存在了，要不在朝鲜也不会被赶出来，你现在发布命令，命令驻朝鲜边境的东北第1师、第5师、第11师、第12师，立刻进入朝鲜，对国联驻军全部缴械，对日军给我恨恨的打，让他们知道背主忘宗的滋味。”朱启睿挥舞着手说。

    “是。”蒋方震严肃的说道。

    是夜，武汉的上空传来一阵轻微的轰鸣，武汉行营门口的一个哨兵闻声抬头向天空望去，“没有东西啊，怎么却传来飞机的动静呢？”他想到。

    因为此时的日军飞机还没有夜行能力，所以，南明国民政府的军队哨兵并没有在意这个响动的由来。便在这时，只见有十余个黑影从黑暗的夜空中穿了出来。只见这几个黑影身形矮胖，在他们的头顶上有着巨大的螺旋桨在飞快的旋动着。他们飞快的飞过武汉行营的上空，并在空场处降了下来，在离地还有十多米时，只见一串的黑影顺着绳索飞快的降了下来。这些黑影一落地，便飞快的散了开来，占据了四周有利的地势。

    随后，这些有着巨大螺旋桨的飞机纷纷降落在地，有很多黑影从机身中钻了出来，他们向一座小楼包围而去，只听得一阵“噗噗”声响过，楼门口的哨兵纷纷被带有消声器的武器射杀。这些黑影分出一些人来进入楼中，不一会儿，便押着几个人从楼中走了出来。他们将这几人带上飞机，飞机升起，消失在了夜色之中。